La sorpresa en Zelda, al igual que en sagas como Mario o Metroid, es dificil que alcancen a las primeras partes de cada saga. Técnicamente serán mejores juegos pero tienen muy dificil el innovar.
ALTTP y OOT no son las primeras entregas de la saga y aún asà se las considera las mejores unánimemente.
Y a nivel personal, tampoco. El primer Zelda que yo jugué fue el LA de GB y mi favorito es OOT (de hecho, es mi juego favorito en general). Y "conozco" a muy poca gente que considere el primer Zelda que jugó el mejor (a menos que fueran ALTTP u OOT, lógicamente)
De todas formas, aún con esas no me estoy refiriendo a innovación a nivel general en los videojuegos (que eso sà que es difÃcil de narices), sino a innovación en la propia saga.
El caso es que la saga Zelda siempre ha conseguido innovar dentro de si misma gracias a que, aunque su núcleo jugable se mantiene intacto (mazmorras y demás), cada juego posee un elemento distintivo en su jugabilidad que no tienen el resto de las entregas (yo lo llamo "marca de distinción")
ALTTP tenÃa sus mundos paralelos. OOT tenÃa sus viajes en el tiempo. MM tenÃa un sistema de tiempo que no tenÃa nada que ver con el de OOT y el sistema de las máscaras. OOS tenÃa su sistema con las estaciones del año. TWW tenÃa la navegación en el barco. TMC tenÃa el sistema de "encogimiento". FSA tenÃa el manejar a cuatro Links a la vez (en su modo monojugador).
El LOZ, al ser el primer juego, lógicamente no tenÃa ninguna. AOL, más que preguntarse qué tenÃa de diferente, hay que preguntarse que tiene de "antiguo". LA no tenÃa ninguna "marca" concreta, por lo que se podrÃa considerar la excepción, pero aún asà añadió pequeñas cosas a la saga. OOA lo que hizo fue mezclar en uno los sistemas de ALTTP y OOT, siendo a la vez novedoso y clásico.
Esta es una de las razones más importantes por las que la saga Zelda es mi favorita. Porque todas y cada una de sus entregas son diferentes sin que por ello pierdan los elementos que le dan identidad como saga.
Ahora bien, ¿qué tiene "Twilight Princess" de distintivo? Lógicamente, la transformación en lobo (el que me diga que son esos controles con el Wii mando, metidos con calzador, le rajo

)
Pero por desgracia... hmm... esto mejor lo pongo como spoiler, por si acaso.

Por desgracia, el lobo está muy poco explotado. Después de superar la cuarta mazmorra, se convierte en un cero a la izquierda, por asà decirlo, y solo lo empleamos en momentos muy puntuales.
En consecuencia, la segunda mitad del juego aporta muy poco o nada nuevo a la saga.
Esto último fue sin duda lo que más me ha decepcionado, y la razón principal que hace que para mi este juego no pueda superar a los dos juegos mencionados antes. Hay más razones, pero está es la de mayor peso, con diferencia.
Pero bueno, que tampoco es que sean defectos tan graves. Pero sà que son determinantes para las comparaciones (odiosas, pero inevitables) con entregas anteriores.